La mouche est le plus souvent regardée par l’Homme comme un insecte malpropre et vecteur de maladies comme le typhus ou le choléra. Les mouches se trouvent par exemple par milliers dans les latrines. Quelques mouches sont hématophages et peuvent transmettre des maladies comme la leishmaniose ou la maladie du sommeil. D’autres espèces, de par leur coexistence avec l’homme, peuvent lui transmettre des maladies comme le choléra ou le typhus, durant des périodes où la situation sanitaire d’une région est de mauvaise qualité. D’autres mouches, une fois ingurgitées, peuvent provoquer des myases. Certaines sont vectrices de maladies parasitaires, telle la maladie du sommeil qui est véhiculée par la mouche tsé-tsé. Certaines espèces font aussi, à l’état larvaire surtout, des dégâts aux récoltes ou parasitent le bétail. Aussi la lutte contre les mouches mobilise-t-elle des sommes très élevées, et le recours à des procédés très divers afin de limiter leurs populations, dans les pays industrialisés comme dans le Tiers-Monde.

Le principal facteur qui rend les mouches mal perçues par l’homme est le dérangement et la perturbation de ces insectes. Les mouches ont tendance à se poser n’importe où sur le corps humain en dépit du sentiment d’insécurité senti une fois traquées, avec une insistance incompréhensible. Leur bourdonnement est très nuisible, surtout en période de sommeil ou de concentration. C’est la cause la plus importante qui rend les mouches détestées et traquées par les êtres humains.